Oprócz powszechnie znanych cmentarzy przy synagodze Remu i przy ul. Miodowej, w Krakowie znajdują się jeszcze dwie żydowskie nekropolie. Pierwsza z nich - z wejściem przy ul. Jerozolimskiej 25 - powstała w drugiej połowie XIX wieku jako miejsce pochówku członków żydowskiej gminy wyznaniowej w Podgórzu. W 1932 roku, wobec zapełnienia cmentarza przy ul. Miodowej, gmina żydowska w Krakowie założyła nową nekropolię w pobliskiej Woli Duchackiej, przy obecnej ul. Abrahama. Oba cmentarze dzieliła ulica Jerozolimska. W późniejszym okresie zarówno Podgórze jak i Wola Duchacka zostały przyłączone do Krakowa.
Los tych nekropolii był tragiczny - w czasie wojny na ich terenie Niemcy zbudowali obóz zagłady w Płaszowie. Aleksander Bieberstein w swej książce zatytułowanej "Zagłada Żydów w Krakowie" tak opisuje dewastację tych nekropolii: "Stary cmentarz podgórski przy ul. Jerozolimskiej miał wiele cennych nagrobków, między innymi z czarnego granitu szwedzkiego, popielatego czeskiego, czerwonego trembowelskiego. Wiele z tych nagrobków było dziełami sztuki kamieniarskiej. Przy budowie obozu w Płaszowie zwalono wszystkie nagrobki, rozbito je na mniejsze kawałki, używając ich na podkłady drogowe. Czarnymi płytami wyłożono wejścia do tak zwanego Rotes Haus - domu będącego pierwszą rezydencją Amona Goethe w obozie w Płaszowie. Wiele tych nagrobków esesmani sprzedali krakowskim kamieniarzom. Przy budowie obozu duże spychacze niwelowały teren, burząc resztki ocalałych grobów i pomników, wydobywając często na powierzchnię kości zmarłych. Czaszki starannie badano czy nie zachowały się w nich korony i sztuczne zęby ze szlachetnych metali". Przytoczmy też fragment zeznań, jakie po wojnie złożył więzień obozu, Matys Brunnegraber: "Burzyliśmy mur cmentarny, co trwało długo, bo mur był gruby. Musieliśmy burzyć nagrobki kilofami, a groby się plantowało i fundamenty (baraków - przyp. KB) stawiało się na słupach. Słupy wbijało się do grobów na głębokość jednego metra. (....) Bagier (koparka mechaniczna - przyp. KB) przekopywał ziemię, z której wyrzucał kości szkieletów. Gdy napotykano czaszkę, Bagermeister kazał Żydom wyjmować złote zęby i mostki i zabierał je. Gdy byłem potem przydzielony do działu zegarmistrzowskiego, powiedział mi raz cynicznie: "Widzisz, złoto leży na ziemi, trzeba się tylko schylić po nie". (źródło: Archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego, Relacje Ofiar Zagłady, sygn. 301/1732).
Do prac budowlanych w Płaszowie użyto także niektóre macewy z cmentarza przy ul. Miodowej. Po wojnie na terenie obozu odnaleziono między innymi pomnik nagrobny Ozjasza Thona. Znajdujące się na cmentarzach budynki - halę przedpogrzebową, budynek mieszkalny Towarzystwa Chewra Kalisza, stary dom przedpogrzebowy - wykorzystano dla potrzeb obozu w Płaszowie, przeznaczając je na między innymi na stajnię i chlew czy zakład kąpielowy.
W budynku domu przedpogrzebowego pracownicy krakowskiego kahału próbowali ukryć przedmioty liturgiczne z synagog, w tym około stu pięćdziesięciu zabytkowych zwojów Tory. Niestety, rzeczy te wpadły w ręce Niemców i zostały wywiezione oraz częściowo zniszczone.