Poznańscy Żydzi założyli kilka cmentarzy. Pierwszy z nich powstał w pierwszej połowie XV w. w miejscu zwanym Złotą Górą, w pobliżu obecnego kościoła ojców Jezuitów. Kolejny cmentarz założono na Muszej Górze, w okolicach obecnego Placu Wolności, w obrębie pl. Cyryla Ratajskiego, 3 Maja i ul. Nowowiejskiego. Majer Bałaban w wydanej w 1929 r. książce Zabytki historyczne Żydów w Polsce tak pisał o tym cmentarzu: "Gorzej niż z krakowskim rzecz się ma z cmentarzem poznańskim. Wedle planów i wskazówek w archiwum, znajdował się on na dzisiejszym placu Wolności, w samem centrum nowego miasta, a opodal starego. Czy to był najstarszy z cmentarzy żydowskich jest nam niewiadome, żaden z lokalnych historyków Poznania nie wynotował tego faktu. Tyle jest wiadome, że w roku 1805 zniesiono ten cmentarz, przyczem kości kilku męczenników z r. 1736, a z niemi i niektóre nagrobki przeniesiono na nowy cmentarz. Lud opowiada, że królowa pruska Luiza mieszkała koło cmentarza i nie chcąc mieć przed oczyma pogrzebów i nagrobków żydowskich, kazała znieść cmentarz. Klęska pod Jeną miała był "karą dla Prusaków za to świętokradztwo". W każdym razie przepadły wszystkie prastare, a nawet i mniej stare nagrobki (za wyjątkiem kilku), ta strona archeologji żydowskiej w Poznaniu jest dla nauki stracona". Po obu tych cmentarzach nie ma dziś śladu.

W 1803 r. gmina żydowska w Poznaniu otworzyła następny cmentarz, położony przy obecnej ul. Głogowskiej. W 1837 r. pochowano na nim Akiwę Egera (Eigera) - rabina, autora licznych dzieł z zakresu prawa religijnego, rektora poznańskiej jesziwy. Na jego steli wyryty był napis: "Tu spoczywa rabin, nasz rabin Akiwa Eiger. Odszedł do sług bożych w świętej gminie Maerkisch Friedland i świętej gminie Poznań został zabrany do swego ludu. W czwartek 13 dnia tiszri roku 598 według krótkiego rachunku". Jego grób stał się celem pielgrzymek. W 1911 r. w Residenzstadt Posen und Ihre Verwaltung pisano, iż "skromny nagrobek w miejscu spoczynku rabina Akiwy Eigera jest szczególnie często odwiedzany przez będących w Poznaniu rosyjskich Żydów".

Cmentarz został zdewastowany na polecenie Niemców podczas II wojny światowej. Macewy wykorzystano m.in. do utwardzania dróg i chodników, budowy autostrady, sztucznego jeziora "Rusałka" oraz prac budowlanych na Sołaczu.

21 marca 1946 r. Zarząd Miejski Poznania podjął uchwałę o przeznaczeniu cmentarza żydowskiego o powierzchni 49086 m2 na rozbudowę Międzynarodowych Targów Poznańskich. Jego teren został stopniowo zabudowany, wszelkie ślady grobów uległy zatarciu.

Przez wiele lat środowiska żydowskie z Komitetem Ochrony Cmentarzy Żydowskich w Europie na czele podejmowały starania na rzecz budowy lapidarium na terenie cmentarza. Negocjacje ze Spółdzielnią Mieszkaniową "Grunwald" oraz właścicielami zabudowań dobiegły końca w grudniu 2006 r. Uzgodniono, że na podwórzu przy ul. Głogowskiej 26a zostaną ustawione macewy, w tym nagrobek Akiwy Eigera. Jesienią 2007 r. podczas prac odkopano kilka kamieni nagrobnych.

30 kwietnia 2008 r. na odzyskanym skrawku cmentarza postawiono macewy. Przybyły z Izraela rabin Menasze Ekstein wyznaczył miejsca pochówków, w tym także grób Akiwy Egera. Rabin Schlesinger strzegł, aby nie zostały złamane prawa dotyczące pochówków. Rabinowi asystowali bracia Joszua i Samuel Halpern - potomkowie Akiwy Egera i fundatorzy przedsięwzięcia. Obecni byli również rabini z Zurichu i Londynu. Nad całością czuwała przewodnicząca Poznańskiej Filii ZGWZ Alicja Kobus oraz przewodniczący GWŻ w Gdańsku Michał Samet. Współtwórcami dzieła byli: Rabinacka Rada Europy Ochrony nad Cmentarzami Żydowskimi, ZGWŻ w Poznaniu, Międzynarodowe Targi Poznańskie oraz Spółdzielnia Mieszkaniowa Grunwald Osiedle Łazarz. Autorem projektu cmentarza był architekt Jacek Wilczak, nadzór budowlany prowadził inż. Włodzimierz Całka, a wykonawcą robót budowlanych był zespół Andrzeja Grochalskiego.