Jak podaje serwis Jewishgen, początki osadnictwa żydowskiego we Wrześni przypadają na XVI wiek. Było to wówczas jedno z większych skupisk ludności żydowskiej w tym rejonie. Wiemy, że w 1579 roku siedemdziesięciu pięciu Żydów z Wrześni płaciło 60 złotych polskich pogłównego. Czarną kartę w historii wrześnieńskiego sztetl zapisali żołnierze hetmana Czarnieckiego, mordując we Wrześni w 1656 roku około stu żydowskich rodzin. Spis powszechny z 1921 roku odnotował 151 osób pochodzenia żydowskiego, co stanowiło 2,3% wszystkich mieszkańców.

Pierwszy cmentarz żydowski we Wrześni powstał w XVI wieku. Kolejny założono w 1868 roku. Do dziś na jego terenie nie zachowały się żadne nagrobki. Jedynym śladem po miejscowych żydowskich nekropoliach są dwa fragmenty macew, przechowywane w Muzeum Dzieci Wrześni.